Busuk batang menjadi salah satu penyakit yang kerap menyerang tanaman vanili. Kondisi tersebut tentu dapat menimbulkan kerugian cukup tinggi untuk petani.
Penggunaan pestisida yang berlebih dapat menimbulkan permasalahan lingkungan dan kualitas vanili itu yang penuh akan residu. Untuk itu akan lebih baik jika pengendalian yang dilakukan menggunakan pengendalian terpadu.
Tanaman bawang-bawangan digadang-gadang mampu mengurangi gejala layu Fusarium. Jenis tanaman ini juga dapat meningkatkan dan merangsang aktivitas pseudomonas fluorescens yang bersifat antagonis.
Efektivitas penggunaan tanaman bawang-bawangan ditentukan oleh beberapa faktor yaitu:
1. Jenis dan populasi p.flurescens yang ada di dalam tanah
2. Syarat tumbuh tanaman bawang yang digunakan
3. Teknik penataan tanaman bawang di antara vanili.